La iglesia de San Juan, se funda en el siglo XII por el arzobispo toledano don Juan, y construida en esa misma centuria con una estructura románica de una sola nave, bóveda de cañón sustentada sobre dos arcos fajones, ábside semicircular, y de muy pequeñas dimensiones. 

La sencillez de su arquitectura le confería una belleza austera y contenida, típica de la época, donde la funcionalidad religiosa primaba sobre la ornamentación excesiva.

En el siglo XVI, el cardenal Tavera emprendió un ambicioso proyecto de mejora y ampliación de la iglesia. Añadió una sacristía aneja, la capilla de la Virgen de la Zarza, y fortaleció la estructura del edificio con la construcción de cuatro contrafuertes en el muro de mediodía, con el fin de reforzar la estabilidad del templo. 

Estos contrafuertes escoltaban la portada principal, que fue embellecida con columnas y molduras características de la época, ofreciendo una entrada majestuosa para los fieles que acudían a la iglesia.

Además, la iglesia de San Juan fue decorada con un retablo elaborado por el escultor toledano Juan de Villa y pintado por Felipe Sánchez, también toledano, en el año 1621. 

La obra fue un reflejo de la maestría artística del Renacimiento y el Barroco, dando a la iglesia un aire de grandeza que contrastaba con su tamaño modesto. La intervención de estos artistas subrayaba la importancia de la iglesia en la vida religiosa de Brihuega y en la comarca de la Alcarria.

Sin embargo, el paso de los siglos no perdonó a la iglesia de San Juan. El deterioro progresivo del edificio, sumado al abandono que sufrió a lo largo de los años, llevó a la decisión de despojarla de su estatus de parroquia en el año 1900. 

La iglesia, ya en mal estado, sufrió un expolio en 1936, durante la Guerra Civil Española, cuando gran parte de sus bienes artísticos y mobiliarios fueron saqueados. A pesar de los intentos por preservarla, la iglesia se derrumbó en 1965, y lo que en su día fue un lugar de culto y devoción quedó reducido a escombros.

Hoy en día, lo que queda de la iglesia de San Juan son solo las ruinas y la memoria colectiva de los habitantes de Brihuega, que conservan en su recuerdo la imagen de este templo que marcó una etapa importante en la historia de la villa. 

Los más mayores del lugar siguen evocando la presencia de la iglesia en el paisaje del pueblo, y su desaparición se ha convertido en un símbolo del paso del tiempo y de la fragilidad de los monumentos que, aunque en su día fueron vitales, finalmente sucumbieron al abandono y al olvido.

En todo caso, la iglesia de San Juan es una evocación que sustenta la realidad que el viajero encuentra hoy en Brihuega: una villa que centra la Alcarria y que nos da la dimensión de historia y patrimonio que sigue muy presente. 

La desaparición de este templo nos recuerda la importancia de conservar nuestro patrimonio, no solo por su valor artístico o arquitectónico, sino también como un reflejo de las historias y vivencias de las generaciones que habitaron estas tierras.